Rivalités Avec les clubs auxerrois

À Auxerre, les premiers rivaux de l'AJA sont l'Alliance vélo-sportive auxerroise (ASVA), fondée en 1904, et l'Étoile sportive auxerroise (ESA), fondée en 1884. L'ASVA est même le premier adversaire de l'AJA lors de la Coupe de France de football 1917-1918. L'AJA s'incline 6 buts à 1. En 1942, l'ASVA et l'ESA fusionnent pour donner naissance au Stade auxerrois. À cette époque le gouvernement de Vichy encourage les différents clubs d'une même ville à fusionner. L'abbé Deschamps refuse que l'AJA se joigne à ces deux clubs^[95]. Le Stade auxerrois est donc le nouveau rival local de l'AJ Auxerre dans les années 1950 et 1960, où idéologies politique (le Stade venant de l'ESA qui est plutôt communiste)^[96] et religieuse se mêlent à l'aspect sportif : entre le club laïc de la ville (Stade auxerrois) et le club catholique du patronage (AJA), les matchs reflètent les oppositions de l'époque. De nos jours, le Stade auxerrois reste toujours un club populaire à Auxerre.